Çocukluk Çağı Beyin Tümörlerinde Metilasyon Analizi: Tanıda Yeni Bir Dönem
Updated: Oct 21
Doğru tanı, doğru tedavinin ilk adımıdır
Beyin tümörleri, çocukluk çağı kanserleri içerisinde lösemilerden sonra en sık görülen kanserdir. Ancak beyin tümörlerini tek bir hastalık olarak değil; davranışı, tedavisi ve klinik seyri birbirinden farklı hastalıklar olarak görmek gerekmektedir.
Bugün 80'den fazla merkezi sinir sistemi tümörü tanımlanmıştır. Bazı türleri o kadar nadirdir ki, klinisyen ve patologlar meslek hayatı boyunca hiç karşılaşmamış ya da yalnızca birkaç kez karşılaşmaktadır. Tümör tanısı, mikroskop altında dokudan alınan hücrelerin şekli, davranış biçimi, ilgili boya ile boyanması ve belirli özellikler göstermesi ile konulur. Ancak birbirine benzeyen iki tümör dokusunun tedaviye yanıtlarının farklı olması ve hatta farklı hastalık ile isimlendirilmesi, doku tanısının moleküler temeller üzerine taşınması gerektiği bilgisini doğurmuştur. İşte bu noktada metilasyon analizi, gerçek anlamda bir dönüm noktası oldu.
Metilasyon analizi nedir?
Vücudumuzdaki her çekirdekli hücre aynı DNA'yı taşır. Bir beyin hücresini bir kas hücresinden ayıran, genlerin hangilerinin aktif olduğudur (gen ekspresyonu). Bu aktifleşme (ekspresyon) düzeninin önemli bir parçası, DNA üzerine eklenen küçük kimyasal işaretlerdir; bunlara metil grupları denmektedir.
Bu metil grupları, DNA’yı değiştirmeden onların çalışma düzenini (gen ekspresyonunu veya inaktifleşmesini) değiştirebilmektedir. Örneğin, tümör oluşmasını engelleyen bir geni (tümör supresör gen) sessizleştirebilir (inaktifleştirme) veya tümör oluşturan bir geni (onkogen) aktifleştirebilir. Tümörlerde DNA dizisindeki değişikliklerin yanı sıra metilasyon düzeninde de bozukluklar (hipometilasyon veya hipermetilasyon) görülür. Bu tür değişikliklere epigenetik değişiklik denir.
Tanı açısından önemli olan, tümörün metilasyon deseninin hem köken aldığı hücreyi hem de bu tümöre özgü değişiklikleri yansıtmasıdır. Tümör hücreleri, köken aldıkları hücrenin DNA’sı üzerindeki metilasyon düzenini büyük ölçüde korurlar. Bu yüzden her tümör tipinin kendine özgü bir metilasyon "parmak izi" vardır. Metilasyon analizinde tümör dokusundan elde edilen DNA'da yüz binlerce farklı noktadaki metilasyon işaretleri okunarak bir desen oluşturulur. Ardından bu desen, binlerce tümörden oluşan referans bir veri tabanıyla bilgisayar ortamında karşılaştırılır ve sonuçta tümörün hangi gruba ait olduğu belirlenir.
Bu alandaki en yaygın kullanılan program, Heidelberg merkezli MSS tümörü metilasyon sınıflayıcısıdır. 2026'da yayımlanan 12.8 sürümü 7.495 tümör profiliyle donatılmış ve tanıdığı grup sayısını 91'den 184 alt sınıfa çıkarmıştır. Alt sınıf düzeyinde doğruluğu yaklaşık %95'tir ve her sonuç için bir güven skoru vermektedir.
Neden bu kadar önemli?
• Tanıyı netleştirir: Bu yöntemi geliştiren uluslararası çalışmada vakaların yaklaşık %12'sinde ilk patolojik tanı metilasyon analizi yapılmasıyla değişmiştir. Diğer testlerin kesin sonuç vermediği ya da birbiriyle çeliştiği durumlarda, çoğu zaman belirleyici katkı sağlamaktadır.
• Tümörün alt grubunu belirler: Örneğin medulloblastom, metilasyon analizi ile WNT, SHH, Grup 3 ve Grup 4 olarak ayrılır. Bu gruplar birbirinden çok farklı seyretmektedir.
• Tedavinin yoğunluğunu belirlemeye yardımcı olur: Klinik olarak iyi seyreden ve düşük riskli gruplarda tedavi dozu protokoller çerçevesinde azaltılabilirken, yüksek riskli gruplarda yoğun tedavi verilebilmektedir.
• Tek testte birden fazla bilgi verir: Aynı analizden kromozom kayıp ve kazançları ile bazı gen çoğalmaları saptanabilir. Bu, ayrı ayrı testlere duyulan ihtiyacı azaltmaktadır.
• Yeni tümör tiplerini ortaya çıkarır: Daha önce tek bir hastalık sanılan pek çok tümörün aslında ayrı alt tiplerden oluştuğu bu yöntem sayesinde anlaşılmıştır.
• Uluslararası standarttır: Dünya Sağlık Örgütü'nün 2021 MSS tümörleri sınıflamasında, bazı tümör tiplerinin tanısında metilasyon profili "temel" ya da "önerilen" kriterler arasında yer almaktadır.
• Klinik çalışmalara kapı açar: Pek çok güncel tedavi araştırmasına katılma fırsatı, moleküler grubun bilinmesine bağlıdır.
Bilinmesi gerekenler
Metilasyon analizi, histopatolojik tanımızı kuvvetlendiren bir yöntemdir; yani tedavi planlanırken elimizi güçlendirmektedir ve doğru yolda olduğumuzu düşündürmektedir. Ancak metilasyon sonucu tek başına tanı koydurmaz; her zaman patoloji ve klinik bulgularla birlikte yorumlanması gerekmektedir. Güvenilir sonuç için dokuda ideal olarak %70 ve üzeri tümör hücresi bulunması istenmekte ve genellikle 0,90 ve üzeri bir güven skoru aranmaktadır. Histopatolojik tanı, metilasyon bilgisi, görüntüleme ve klinik bilgilerle hasta değerlendirilmekte ve tedavi haritası belirlenmektedir.
Aileler için
Çocuğunuzun tümörünün metilasyon analizi, aslında "bu tümör tam olarak nedir?" sorusuna bugün verebileceğimiz en ayrıntılı yanıtlardan biridir. Bu bilgi, tedavi yol haritasının güvenle çizilmesine de katkı sağlar.
Doç. Dr. Yasin Yılmaz
Pediatrik Nöro-onkolog
Acıbadem Üniversitesi Altunizade Hastanesi
Kaynaklar ve İleri Okuma Önerileri
• Al Sharie S, et al. Methylation profiling in neuropathological tumors diagnosis: a comprehensive review. Front Oncol. 2025;15:1720458. doi:10.3389/fonc.2025.1720458
• Capper D, et al. DNA methylation-based classification of central nervous system tumours. Nature. 2018;555:469–474.
• Gilligan J. Genome-wide methylation profiling brings new clarity to brain tumor diagnosis. Mayo Clinic Laboratories; 5 Ağustos 2026.
• Louis DN, et al. The 2021 WHO Classification of Tumors of the Central Nervous System: a summary. Neuro-Oncology. 2021;23(8):1231–1251.
• Park JW, et al. Brain tumor classification by methylation profile. J Korean Med Sci. 2023;38(43):e356. doi:10.3346/jkms.2023.38.e356
• Pillainayagam C, Newton HB. Methylation analysis and application to brain tumors. In: Handbook of Brain Tumor Chemotherapy, Molecular Therapeutics, and Immunotherapy. Elsevier; 2026. Chapter 6, 91–106.
• Sill M, et al. Advancing CNS tumor diagnostics with expanded DNA methylation-based classification. Cancer Cell. 2026;44:340–354. doi:10.1016/j.ccell.2025.11.002
